ニガウリゴーヤは、結論からいうと同じ植物です。

「ニガウリ」とは、ウリ目ツルレイシ属に属する一年生つる性植物で、果実は食用とされる野菜です。
果肉に独特の苦味があることが「ニガウリ」の名前の由来で、漢字では「苦瓜」と書きます。
は全長20~50cmのヘチマ形で、果皮には小さいイボ状の突起が無数についています。
食用のものは未成熟な状態で収穫するため緑色のものが一般的ですが、完熟すると黄色くなり実が裂けます。
完熟したものの種子のまわりには赤いゼリー状の仮種皮があり、甘味があります。

「ゴーヤ」とは、沖縄方言「ニガウリ」のことで、「ゴーヤー」と呼ばれることもあります。
沖縄県を舞台にしたNHK連続テレビ小説「ちゅらさん」が放送された2001年頃から、「ゴーヤ」や、「ゴーヤ」と豆腐、野菜などを炒めた沖縄料理「ゴーヤチャンプルー」が、沖縄を代表する野菜、料理として知られるようになります。
日照や気温など一定の条件があれば育成も容易で、すだれよしずの代わりにグリーンカーテンとして遮熱遮光目的で栽培されることもあるなど家庭菜園の作物としても人気があり、現在では全国的に広く栽培され、「ゴーヤ」の名前も定着しています。


■ Wikipedia ツルレイシ

「ニガウリ」…ウリ目ツルレイシ属の一年生植物、野菜
「ゴーヤ」…沖縄県の方言でニガウリのこと

「ニガウリ」と「ゴーヤ」の違いは?
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