はいずれも「あな」と読むことが出来る漢字で、くぼみやへこみ、貫通した空洞部分など、同等の意味で使われることが多い語です。

「穴」「孔」の使い分けに明確な定義は存在しませんが、一般的には、くぼみやへこみの様に貫通していないものを「穴」ドリルやホールパンチャーなどの工具で開けた個所のように貫通したものを「孔」とすることが多いです。

しかし、現在の「常用漢字表」において「孔」の読みに、訓読みの「あな」はなく、音読みの「コウ」のみで登録されています。
したがって貫通している場合でも「あな」と読む場合は「穴」を使用することがほとんどです。

なお、建築現場や医療現場など、専門的な用語には「穿孔(せんこう)」「鼻孔(びこう)」といった「コウ」と読む「孔」が使われる用語が多数あります。


■ Wikipedia 穴
■ wiktionary 穴
■ wiktionary 孔
■ コトバンク 穴
■ コトバンク 孔

「穴」くぼみやへこみの様に貫通していないものを指すことが多い
「孔」ドリルやホールパンチャーなどの工具で開けた個所のように貫通したものを指すことがおい、常用漢字では音読みの「コウ」のみ

「穴」と「孔」の違いは?
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