綿(めん)」コットンは、結論からいうと同じものを指します。
 
綿花

「綿」とは、アオイ目アオイ科ワタ属に属する多年草「ワタ」の種子からとれる繊維、およびその繊維から作られるのことです。
収穫前のワタの繊維は、白い花が咲いているように見えることから「綿花(めんか)」と呼ばれることもあります。
「綿」は、肌触りがよく、吸水性・吸湿性・通気性・耐熱性が高く、丈夫で安価、染色性や発色性にも優れていることから、植物繊維の中で世界中で最も広く用いられている繊維となっています。
「綿」と書いて「わた」と読む場合、布団座布団の中に詰められている塊状の繊維全般を指す語となることや、からとれる「真綿」や、からとれる「羊毛綿」と区別するために「綿」を「木綿(もめん)」と呼ぶこともあります。

「コットン」とは、「綿」を意味する英語 “cotton” のカタカナ表記です。
なお、消費者庁の家庭用品品質表示法では、繊維の名称を示す用語として「綿」の表示名を「綿」「コットン」、「COTTON」のいずれかと規定しています。
このため、衣類など繊維製品の表示で「綿 100%」「コットン 100%」「COTTON 100%」は、いずれもおなじ繊維を用いたものになります。


■ Wikipedia 木綿
■ Wikipedia 綿
■ 消費者庁 家庭用品品質表示法

「綿」…アオイ科ワタ属に属する多年草「ワタ」の種子からとれる繊維
「コットン」…綿を意味する英語 “cotton” のカタカナ表記

「綿」と「コットン」の違いは?
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